本田です。 iTunes matchと同じ現象が出ているので報告いたします。 iCloudと同機するとiOSデバイス内の曲が消えてしまう事がわかりました。 設定→music→iCloud music libraryにチェックを入れると起こります。 ただし、チェックを入れないとapple musicのプレイリストを取り込む事ができ なくなります。 お気をつけください。